El Tribunal de Cuentas dedica un apartado especial en su informe de fiscalización de la Ciudad en el ejercicio 2016 al convenio que la Administración sostiene con la FPAV para el sostenimiento de las Brigadas Verdes. "Como ya se ha puesto de manifiesto en anteriores informes, la especificación de su objeto ha sido muy escasa y la descripción de las actividades previstas ha resultado excesivamente genérica, careciendo del nivel de concreción suficiente para determinar su verdadero alcance y la adecuación a su valor de la financiación aportada por la Ciudad", superior a 3 millones de euros al año.

Según el Tribunal, en 2016 llegó a ser la propia FPAV la que redactó el proyecto de renovación de la subvención y un informe técnico asumió que era "incapaz de determnar jurídicamente la necesidad de este convenio".

El informe de auditor de cuentas para comprobar la aplicación de los fondos recibidos se emitió "con notable retraso" y no se hicieron cruces para comprobar que la FPAV no recibía otras ayudas o ingresos "destinadas a la misma finalidad". Además, las cuentas de la Federación "no incluyeron información sobre otras subvenciones percibidas".

Los fiscalizadores detectaron incoherencias sobre el número de trabajadores (no podía haber más de 154 pero en algunos documentos se hablaba de 132 y en otros de 157) y en dos casos se pagaron 15 nóminas "en vez del máximo de 14" a otros tantos trabajadores. La Ciudad ha alegado que tal cosa aconteció "por el cambio de categoría profesional" de un conductor y un capataz pero el TCu lamenta que "no se ha facilitado soporte y acreditación documental de esa modificación contractual".

El Gobierno de Vivas intervino en 2017 la política de Personal y remuneraciones de las Brigadas Verdes imponiendo negro sobre blanco la imposibilidad de elevar sueldos o contratar a más personas sin procesos públicos pero, pese al cambio de presidente en la Federación, el programa no ha dejado de estar en el ojo de la polémica por su gestión económica.