Desde 2004 , el Ministerio de Fomento ha atendido con cargo a estos fondos cuatro intervenciones, dirigidas a rehabilitar y conservar el patrimonio histórico de Ceuta. Tres de ellas ya han sido financiadas mediante la firma de un convenio de colaboración con la Ciudad Autónoma, mientras que la cuarta se encuentra en fase de ejecución en la actualidad. En total, y hasta la fecha, la cantidad presupuestada por el Ministerio de Fomento para hacer frente a estas actuaciones ha sido de 1.993.620 euros, distribuidos en la intervención en los restos arqueológicos de la antigua Basílica Tardorromana, con 720.488,79 euros, la restauración del Revellín de San Pablo en las Murallas Reales (Fase I), con 600.000 euros y otras  actuaciones en la Muralla Califal, con 148.750, 47 euros. Estos tres proyectos han concluido, habiendo abonado el Ministerio de Fomento íntegramente el coste de la recuperación patrimonial en dos de los casos (Basílica Tardorromana y Muralla Califal), mientras que la intervención en el Revellín de San Pablo ha contado con una aportación de la Ciudad de unos 414.000 euros.

Por otra parte, se encuentra en fase de financiación la rehabilitación del edificio de la antigua estación de ferrocarril, para cuya primera fase hay prevista una aportación total por parte del Ministerio de Fomento de 1.747.936,66 euros, de los que ya se han abonado a la Ciudad mediante convenio 524.381 euros. En este caso, la Ciudad Autónoma ha presupuestado, por su parte, una cantidad idéntica a la aportación ministerial, es decir, 1.747.936,66 euros.