Los estudiantes de Primaria de Ceuta son, con mucha diferencia, los que más se matriculan en asignatura confesional de alguno de los credos mayoritarios en los colegios. Según el último anuario estadístico anual del Ministerio de Educación, con datos relativos al curso 2015-2016, solo un 9,3% de los estudiantes de Primaria de la ciudad no están matriculados en asignaturas de confesión alguna, porcentaje que se sitúa en el 33% de media nacional y que alcanza el 66,8% en Cataluña y el 56,6% en el País Vasco. En Melilla no cursa religión el 21%.

Entre los que sí la estudian, el 35,6% de los alumnos eligen la opción de Religión Católica y el 55,1% la Islámica. En la ciudad hermana estos porcentajes son del 22,9% y del 56,1%, respectivamente.

Si el análisis se limita a los colegios públicos la tasa de alumnado que no cursa religión cae todavía más, hasta el 4,1%, y la de estudiantes de Islámica se eleva hasta el 72,1%.

En contraposición, en los colegios concertados un 74% estudia Religión Católica y el 26% restante no se matricula de materia confesional. El hecho de que en los institutos no se ofrezca formación reglada de Islam cambia radicalmente la situación en Educación Secundaria.

Mientras que en el conjunto del país es un 46,2% el porcentaje que no cursa religión, en Ceuta ese porcentaje se eleva hasta el 49,4%. Un 32,2% se decanta por Religión Católica (el 52,6% en toda España) y un 18,4% por Historia y Cultura de las Religiones, opción que en ninguna otra región llega siquiera al 2%.

En Primaria y ESO en la LOMCE la de Religión se configura como una asignatura específica de oferta obligatoria para las Administraciones educativas y centros docentes pero de elección voluntaria para familias y alumnos. Además debe existir una oferta alternativa: los alumnos pueden elegir entre Religión y Valores Sociales y Cívicos en Primaria, y entre Religión y Valores Éticos en Secundaria.