Los servicios jurídicos de Comisiones Obreras argumentaban en el recurso que en el auto del juez se produce una "clara indefensión", ya que al carecer de los documentos que conforman el expediente al completo no se puede determinar si efectivamente no hay actuaciones ilegales, ni si en el contenido del expediente existen elementos que puedan contradecir la decisión del magistrado, que aunque no aprecia ilegalidad tampoco remite copia de toda la documentación, derecho reconocido a las partes en el artículo 302 de la Ley de Enjuiciamiento Criminal. El recurso recuerda que Juan Luis Aróstegui solicitó que se le diera traslado de todas las actuaciones, amparándose en el derecho constitucional a la tutela judicial efectiva, incluido en el artículo 24 de la Constitución Española, para poder adquirir un conocimiento completo y poder deducir las correspondientes acciones ante la jurisdicción ordinaria. 

El auto tampoco explica para el sindicato por qué se han investigado los nombres, filiación política y demás datos de Aróstegui y el resto de componentes de la ejecutiva de CCOO y su relación con un altercado en la estación marítima en la que un presunto militar declaró ser afiliado del sindicato y del PSPC, ya que el nombre del protagonista no coincide en ningún caso con el de Juan Luis Aróstegui. Además, los servicios jurídicos de CCOO se preguntan en el recurso que si no se han producido actuaciones ilegales a qué se debió el cese inmediato de los responsables de la Unidad Militar de Inteligencia y la destitución del resto de guardias civiles destinados al trabajo de campo en la oficina. 

Con la decisión de admitir a estudio el recurso, los documentos que forman el expediente permanecerán en Madrid y no regresan a Ceuta, por lo que los servicios jurídicos del sindicato albergan esperanzas de poder comprobar todos los folios y no tan sólo los que se les remitió con anterioridad, y que según defiende el juez son los únicos que afectan a Juan Luis Aróstegui y Comisiones Obreras.