El departamento de Microbiología y Análisis Clínico del Hospital Universitario ha comenzado a realizar, por primera vez en la historia de Ceuta, la secuenciación del genoma completo del virus del SARS-COV2, hecho que INGESA ha calificado de "hito sin precedentes", puesto que "permitirá caracterizar el virus, conocer la cepa que está circulando por la ciudad y evaluar tratamientos personalizados frente a las variantes"

Una de las grandes ventajas de poder realizar la secuenciación genómica en el hospital -y no enviar las muestras al Instituto de Salud Carlos III- es que se podrá tener una idea precisa de la variante que está circulando por Ceuta "con mayor celeridad".

Salomé Hijano Villegas, especialista en bioquímica clínica, sostiene que este nuevo concepto de secuenciación de nueva generación "tiene un amplio abanico para el diagnóstico de enfermedades" y supone un "adelanto" para el INGESA, puesto que la herramienta posibilita llegar a la medicina de precisión y personalizada, con la que se podrá no tratar la enfermedad, sino dar a los pacientes un fármaco personalizado.

Este grupo de tecnologías NGS no solo es importante para el campo de la microbiología, sino, también para el campo de la medicina con el diagnóstico de enfermedades genéticas, enfermedades raras, enfermedades huérfanas, diagnóstico molecular y para la elección de bienes terapéuticos en pacientes oncológicos. Para el INGESA, estas nuevas técnicas de diagnóstico "suponen el presente y el futuro de la medicina precisa".

¿Cómo se realiza la secuenciación genómica?

La secuenciación genómica del SARS-COV2 es un proceso complejo. "Tres días de trabajo en el laboratorio y un cuarto día de análisis de datos con el objetivo de seguir comprendiendo el coronavirus", destaca Hijano.

El primer paso a realizar es la extracción del ARN del virus. Se toma una muestra de una parte del cuerpo donde se acumula el patógeno de la COVID-19 y se le aplican diversas soluciones químicas para eliminar ciertas sustancias -como las proteínas y las grasas- para extraer solo el ARN de la muestra.

En segundo lugar, se debe hacer la retrotranscripción para obtener un cDNA. Esta técnica permite sintetizar DNA complementario (cDNA) a moléculas de RNA usando para ello la enzima transcriptasa reversa.

El tercer y el cuarto paso son la generación de librerías y la secuenciación de estas. El secuenciador dará una lectura de los nucleótidos de miles de trozos de ADN. El secuenciador tarda en hacer unas 20 muestras alrededor de 19 horas.

Por último, se obtienen los datos en bruto; es decir, una cantidad ingente de secuencias que deben de ser tratadas. Para ello, el INGESA cuenta con una de las tecnologías más punteras del mercado en secuenciación genómica masiva. Dicho esto, se deben de contrastar todos los datos. Para ello, se coge el genoma de referencia del SARS-COV2 y el genoma secuenciado y se comparan. Una vez comparados, podemos ver dónde se ha producido la mutación. De este estudio, veremos la variante o el linaje que hemos estudiado.