Mediante la implantación del Sistema de Gestión de la Energía, la Autoridad Portuaria de Ceuta ha implantado un sistema energético eficiente con la certificación ISO 50001, con el propósito de alcanzar el objetivo de mejorar su sostenibilidad.

El nuevo sistema es una apuesta por reducir progresivamente su huella de carbono, mejorando con ello la calidad del aire; optimizar y diversificar el consumo energético, haciendo un uso responsable y sostenible de los recursos económicos que gestiona como entidad pública; appoyar la adquisición de productos y servicios eficientes y el diseño para mejorar el desempeño energético.; cumplir con los requisitos legales aplicables y otros requisitos que suscriba, relacionados con el uso y consumo de la energía y la eficiencia energética.; apoyar la investigación, el desarrollo y la innovación, mediante el estudio de alternativas más eficientes.; ofrecer su colaboración a cuantos miembros de la comunidad portuaria opten por asumir estos principios y mejorar en su desempeño energético; asegurar la disponibilidad de información y de los recursos necesarios para alcanzar los objetivos que se proponga en esta línea, consiguiendo resultados reales, cuantificables y objetivos y mejorar de forma continua en su desempeño energético.

En 2006, el Puerto de Ceuta fue ya uno de los primeros a nivel nacional en obtener Certificación del Sistema de Gestión Ambiental y de Seguridad y Salud en el Trabajo, conforme a las normas de referencia ISO 14001:2004 y estándar OHSAS 18001:1999. Posteriormente, en 2011, consiguió la Certificación del Sistema de Gestión de Calidad conforme a la norma de referencia ISO 9001:2004 y, finalmente, en noviembre de 2014 se Certifica del Sistema Integrado de Gestión de Calidad, Medio Ambiente y de Seguridad y Salud en el Trabajo.

Estas iniciativas de gran repercusión ambiental, alineadas con un modelo de desarrollo sostenible, se complementaron con la implantación del Sistema de Gestión de la Energía en primera línea del Sistema Portuario Estatal en cuanto a eficiencia energética y cuya Certificación (50001:2011) tuvo lugar en marzo de 2016. 

En esta línea, y en sintonía con su política energética, se han llevado a cabo varias medidas en los últimos años entre las cuales cabe destacar: la adquisición e instalación de tecnología LED, la implantación de vehículos eléctricos e híbridos y la utilización de sistemas de climatización eficiente en la Estación Marítima. 

Actualmente, la Autoridad Portuaria está trabajando en nuevas iniciativas relacionadas con la electrificación de los muelles (suministro eléctrico a buques) y otras alternativas que apuesten por la ecoeficiencia y que tengan como soporte la autogeneración y el autoconsumo de energía, con un origen renovable.