Ceuta y Melilla ocupan también los últimos puestos en abandono escolar temprano e idoneidad, o correspondencia óptima entre edad y curso, alejadas de las medidas nacionales y aún más de las europeas y de la OCDE. Según la última actualización estadística (2006) publicada por el Ministerio, el 49,3 por ciento de los alumnos de Ceuta que cursaban cuarto de ESO en 2004 obtenía el graduado en esta etapa educativa, así como el 52,7 por ciento de Melilla. Entonces, el País Vasco figuraba a la cabeza, con un 86 por ciento de graduados en la Secundaria Obligatoria; la media nacional era del 70,4 por ciento y del 12 por ciento en la OCDE.

El abandono educativo temprano (población de 18-24 años sin Secundaria postobligatoria y que no sigue ninguna formación) llegaba al 43,2 en ambas ciudades autónomas en 2005, mientras que se reducía al 30,8 por ciento en el conjunto de España y sólo era del 18 por ciento en la UE-15 y del 16 por ciento en la UE-25. En el curso 2004-2005, el 58,4 por ciento de los alumnos de 15 años de todo el país estaba escolarizado en cuarto de ESO, que es el curso adecuado a esa edad (tasa de idoneidad). En Ceuta y Melilla sólo eran el 43,3 y el 47,8 por ciento, respectivamente.